Sequencher 5—DNA序列分析软件

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软件简介

Sequencher 是 DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的极速 Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及卓越的技术支持闻名。

Sequencher软件功能

Sequencher 从差不多 15 年前释出第一个版本到现在，Sequencher 在每个基因专业和制药公司中都应用与于序列分析任务，同时在全球超过40个国家里为数众多的学术和政府实验室中使用。Sequencher 被生命科学研究者们使用于许多不同的 DNA 序列分析应用方面，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等...
Sequencher 的能力包括杂合子和 SNP 的检测和分析，cDNA 到 染色体 DNA 的大型间隙对准，比较排序，对置信评分的支持、ORF 转换、基因银行特性化导入、以及限制酶映射等等。

软件特性

SNP 检测 (SNP Detection)
Sequencher 有几个强大的工具可帮助您检测 DNA 序列中的突变和 SNP。您可以使用 Sequencher 在一组序列之间进行比较序列比对，或者将一个或多个序列与参考序列进行比较。Sequencher 的Call Secondary Peaks...功能分析所有序列中的潜在杂合子。很容易控制定义杂合子的严格性。

绘制 DNA 组装概览中所有杂合子的位置。

您可以从一个杂合子导航到下一个杂合子；只需单击 Bases 视图中的空格键。查看共有序列和共有序列下方的参考序列的蛋白质翻译。参考序列可确保您的 SNP 编号从一个 DNA 组装到下一个组装是一致的。


序列装配 (Sequence Assembly)
Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。
你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配最可能的 Contig。

将 Sequencher 的多功能装配工具应用到：
■确定矢量构造
■装配病毒和细菌基因组
■从 cDNA 库中聚类数以万计的序列
■将基因变体和一个参考序列做对比
■创建一个引物地图
■将 cDNA 装配成基因组序列
以及其他许多项目...



序列编辑 (Sequence Editing)
Sequencher 为您提供 DNA 序列编辑工具，您需要知道序列是绝对正确的。您可以一次查看一个序列的色谱图数据，或以正向和反向查看多个对齐的色谱图。


滚动浏览对齐的数据既快速又容易，或者您可以使用 Sequencher 的选择工具突出显示差异或低质量的区域。

自动分析 (Automated Analysis)
Sequencher 可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可定义、可恢复的，并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当你工作在多个序列时，Sequencher 可以：
■调用第二峰
■调整矢量
■调整低质量的尾端
■创建一致序列
■恢复到实验数据
Sequencher 总是管理两份数据，一份编辑过的，一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时，你可以撤销所有或者部分编辑动作。
自从 4.5 以后，Sequencher 就包含了一个新的自动化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符，或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如，仅仅通过一个按钮的点击，你就可以将 90 个文件，45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段，因此你可以根据克隆编号、日期、引物，或者其他任何你记录在序列名称中的特征，来装配 Contig。

如果你做了许多排序，你会感激“Assemble by Name”，尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用包括：
■用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。
■候选基因的 PCR 产品的分析。
■对保存的跨系统分类物种基因的排序。
■通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性，对病毒序列进行监控。

即使在项目中只有一个 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因为它确保 Contig 的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本，那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事，但但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时，允许 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

矢量微调 (Sequence Trimming)
自动化 DNA 测序仪偶尔会产生质量较差的读数，特别是在测序引物位点附近，以及在较长序列运行结束时。DNA 文库中的克隆序列通常包含载体序列、polyA 尾或其他不相关的序列。内含子和引物序列经常位于扩增外显子序列的两侧。除非通过修剪去除，否则任何这些伪影都会扭曲您的序列组装和下游序列分析。
Sequencher 提供了简单易用但功能强大的工具，可帮助您修剪质量差或模棱两可的数据：
Trim Ends从测序片段的末端去除误导性数据。
Trim Vector去除污染序列末端的序列特定数据。
修剪到参考消除了超出组装参考序列的序列末端。

在执行修剪之前，Sequencher 会显示建议修剪的图形表示，这使您可以进一步细化您的标准。

如果您想在修剪序列的任一端或两端恢复一定数量的碱基，因为您的修剪过于严格，或者您想提高覆盖率， Batch Revert Trim Ends 可以让您做到这一点。只需单击几下，您就可以将碱基恢复到只有几个或几千个序列，并更好地控制您的序列修剪。

软件新功能

2016年8月正式发布Sequencher 5.4.5，Sequencher 5.4.5扩大了大型基因组功能。用BWA-MEM和GSNAP插件的BAM文件取代了SAM文件输出。这个小改变有很大影响NGS序列分析的几个方面。首先这大大降低了NGS的存储需求分析。其他NGS工具也将受益于使用BAM文件。BAM文件加载在NGS查看器的程序,如平板电脑会快得多。

以下为英文介绍
News：
Sequencher 5.4.5 is Available Now!
New features for Sanger and Next-Generation DNA Sequence Analysis include:

Sanger:
•New Batch Revert Trim Ends command.
•Ability to adjust the font size in the Project Window.
•For hybrid sequencing projects, you can create NGS reference databases/indexes directly from the consensus sequences in the Project Window in addition to linking to an external sequence.

NGS:
•GSNAP and BWA-MEM workflows now produce BAM files.
•Enhancements to the External Data Browser (EDB).
•FastQC Reports now open automatically.

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